La historia principal sigue a Naruto y al crecimiento individual de sus amigos, junto a su desarrollo como ninja. Además, se centra en las interacciones entre éstos y la influencia del entorno en sus personalidades. Conforme transcurre la serie, Naruto se relaciona con Sasuke Uchiha y Sakura Haruno, con quienes conforma el «Equipo 7» junto a su sensei Kakashi Hatake. Cabe mencionarse que Naruto confía mucho en ellos así como en otros personajes que irá conociendo poco más adelante. Mientras ellos aprenden nuevas habilidades y conocen a nueva gente y escenarios durante sus misiones, Naruto lucha por su sueño de volverse el máximo líder de su aldea (Hokage) y ser reconocido como alguien importante. Al inicio, la serie se enfoca en los integrantes del Equipo 7, Naruto, Sasuke y Sakura. Poco después, Orochimaru (uno de los delincuentes más buscados) ataca a la Aldea Oculta de la Hoja, asesinando al Tercer Hokage como acto de venganza personal. Lo anterior desencadena que Jiraiya, uno de los tres legendarios ninja ( Densetsu no Sannin?),inicie la búsqueda de su antigua compañera de equipo, Tsunade, para designarla como la Quinta Hokage. Durante la búsqueda se revela que Orochimaru quiere encontrar a Sasuke (a quien conoce por sus técnicas de línea sucesoria y oculares), con tal de proponerle el poder que tanto anhela para matar a su hermano Itachi Uchiha, responsable de haber disuelto a todo su clan. Sasuke acepta la proposición y se va a entrenar con él, traicionando a su aldea.Mientras tanto, Naruto decide hacer algo al respecto, por lo que decide dejar la aldea junto a Jiraiya durante dos años y medio con tal de entrenar y prepararse para la próxima vez que se encuentre con Sasuke, a quien intentará salvar.